Veri Bilimi
Yazarlar: Aysenur SOYTURK PATAT, Özkan Ufuk NALBANTOĞLU
Konular:Fen, Mühendislik
Anahtar Kelimeler:Metagenom,MikroRNA,Makine Öğrenmesi,Karaciğer Sirozu
Özet: MikroRNA’lar 19-25 nükleotid aralığında küçük RNA parçalarıdır[1]. Gen ifadelerinde düzenleyici oldukları yürütülen deneysel çalışmalarca ispatlanmıştır [2]. MikroRNA’lar RNA’nın kodlanmayan bölgelerinden oluşur ve kodlanmayan bu bölgelerin büyüklüğü, ikincil yapı oluştururken oluşabilecek çoklu ihtimaller sebebiyle tespit edilmeyi zorlaşmıştır. Bu düzenleyici dizi içeriklerinin türler arasında korunmuş olabileceğine yönelik hesaplamalı çalışmalar mevcuttur[3]. İnsan bağırsak mikrobiyomu birçok mikroorganizmaya ev sahipliği yapmakla birlikte birçok hastalıkla ilişkili olduğu bilinmektedir [4]. Bu çalışmanın amacı insan mikrobiyomunda konakçıyı hedeflediği düşünülen bakteri kaynaklı moleküler mekanizmalardan insan mikroRNA’sına benzer dizilerin varlığının geliştirilen makine öğrenmesi modeli kullanılarak aranması, bu dizilerin karaciğer sirozu hastası (n=58) ve sağlıklı kontrolde (n=53) anlamlı bir fark oluşturup oluşturmadığının incelenmesidir. Bu gruplarda geliştirilen model ile tarama yapılıp, insan mikroRNA’sına benzer yapılar gösteren taksonlar belirlenmiştir. Belirlenen taksonlar karaciğer sirozu hastaları ve sağlıklı kontroller arasında anlamlı bir fark oluşturduğu istatistik testler ile doğrulanmıştır. Geliştirilen model ile insan bağırsak mikrobiyomunun, insan mikroRNA’sına benzeyen çok sayıda dizi içeriği gözlenmiştir. Ayrıca hastalık açısından bazı türler barındırdıkları varsayılan mikroRNA dizilerinde çeşitlilik sergilediği gözlemlenmiştir. Bu yapıların varlığının belirlenmesi karaciğer sirozu hastalığında ilerleyen çalışmalara ışık tutacak niteliktedir.