Türk Tarım ve Doğa Bilimleri Dergisi
Yazarlar: Mustafa USTA, Abdullah GÜLLER
Konular:Fen
DOI:10.30910/turkjans.725819
Anahtar Kelimeler:Fasulye Adi Mozaik Virus (BCMV),RT-PCR,Karakterizasyon,Filogenetik ilişki
Özet: Fasulye (Phaseolus vulgaris L.), dünya çapında Fabaceae familyasınınönemli ürünlerinden biri olarak kabul edilmektedir. Virüslerin sebep olduğu infeksiyonlar, fasulye üretimini sınırlayanönemli faktördür. Antalya ilinde 2018 yılı Temmuz ve Ağustos ayında fasulye ekilen tarlalardan virüs benzeri simptomları gösteren fasulye örnekleri toplanmıştır. Toplanan örnekler, Bean common mosaic potyvirus (BCMV) virüsünü araştırmak ve viral ajanının kapsid proteinini (CP) karakterize etmek amacıyla dizayn edilen primerler yardımıyla RT-PCR testi ile testlenmiştir. 20 taze yaprak örneğinin 11’inde beklenen büyüklükte (850 bp) fragment elde edilmiştir. Rastgele iki pozitif izolat seçilmiş ve kısmi CP gen dizisinin ortaya çıkarılması amacıyla uygun bir plazmid vektöre klonlanmıştır. İnsert gen içeren rekombinant klonlar çift yönlü olarak dizilenmiş ve elde edilen her iki izolatın sekansı MN104839 ve MN104840 erişim numarası ile Gen Bankasına kaydedilmiştir. Antalya izolatlarının kısmi CP gen dizisinin 823 bp’den oluştuğu ve 274 amino asit parçasını kodladığı belirlenmiştir. BCMV Antalya izolatlarının CP geni, GenBankası veri tabanında ve farklı coğrafi bölgelerde belirlenen 17 izolat ile çoklu karşılaştırma yapılmış ve filogenetik ilişkileri belirlenmiştir. Antalya izolatlarının CP gen sekansları, nükleotit seviyesinde diğer izolatlar ile %91.22 ve % 94.71 arasındakiyüksek benzerlik oranlarını göstermiştir. Ayrıca, filogenetik analizler, BCMV-Antalya izolatlarınıniyi şekilde Türkiye (KT766179) ve İngiltere izolatı (AY112735) ile kümelendiğini ortaya koymuştur. Bu çalışma ile Antalya (Türkiye) ili fasulye alanlarında belirlenen iki BCMV izolatının genetik farklılıkları ortaya konmuştur.